宗教研究所成立以来，与国内外许多机构建立由广泛的交流合作关系。
        1987年，宗教研究所与日本国立民族学博物馆合作，开展了“云南小乘佛教与东南亚佛教研究”项目，宗教所的部分科研人员赴日本参加了研讨会。
        1997年，接受云南省社会科学院领导的安排，在武定县狮子山组织召开了“中韩韩中指空研究学术研讨会”。
        2002年7月18-25日，杨学政研究员应韩国精神文化研究院邀请就云南佛教讲学一周。
        2002年8月，候冲研究员应邀赴美就美国宗教对社会的影响及宗教的多样性和种族的多样性问题进行为期28天的访问考察。
        2008年6月19-21日，云南省社会科学院宗教研究所、云南省宗教学会、香港中文大学基督教研究中心联合，在香港中文大学崇基学院举办了“宗教、地方社会与文化学术研讨会”，全所人员参会。
        2008年8月1日至4日，云南省社会科学院宗教研究所杨学政研究员应邀参加了在韩国釜山召开的“东亚宗教文化学会成立暨国际学术大会”。
        2008年底，杨学政等科研人员参与了在香港举办的“中国伊斯兰教和基督教对话”会议。
        2009年10月，杨学政研究员应邀参加了在日本北海道大学举办的第二届“东亚宗教文化国际学术大会”。